使用烟气在线监测系统对脱硫烟气进行监测时，其安装和运行维护过程中，是与普通的烟气在线监测系统有诸多差别的。

随着烟气脱硫技术的不断改进，脱硫效率越来越高，脱硫后烟气的参数也在随之变化，这对于烟气在线监测系统的技术要求也越来越高，尤其是在湿法脱硫取消或停用GGH后，烟气环境更加恶劣，烟气在线监测的难点也更加突出。

脱硫烟气CEMS主要用于监测脱硫工艺设备的运行效率，以及实时监测脱硫后排放烟气的二氧化硫、氮氧化物、烟尘的浓度和排放率。